水質監測項目依據水體功能和污染源的類型不同而已、數量繁多，但受人力、物力、經費等條件的限制，不可能實現全部監測。而應根據實際情況，選擇環境標準中要求控制的危害大、范圍廣、并已建立可靠分析測定方法的項目，我國環境監測總站提出了68種水環境優先監測污染物黑名單。

一、地表水監測項目

河流 

必測項目：水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、五日生化需氧量、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、氰化物、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物和糞大腸菌群

選測項目：總有機碳、甲基汞等

 集中式飲用水源地

必測項目：水溫、pH、溶解氧、懸浮物、高錳酸鉀指數、COD、BOD5、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、鐵、錳、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、氰化物、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物、硫酸鹽、氯化物、硝酸鹽和糞大腸菌群

選測項目：三氯甲烷、四氯化碳、三溴甲烷、氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、苯乙烯、甲醛、乙醛、丙烯醛、苯、甲苯、乙苯、二甲苯、樂果、敵敵畏、DDT、林丹、黃磷、鉬、鈷、鈹、硼等

湖泊、水庫

必測項目：水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、五日生化需氧量、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、硒、砷、汞、鎘、鉻（六價）、鉛、氰化物、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物和糞大腸菌群

選測項目：總有機碳、甲基汞、硝酸鹽等